गंगा बाढ़ नियंत्रण आयोग (जीएफसीसी), जल शक्ति विभाग, नदी विकास और गंगा संरक्षण विभाग का एक अधीनस्थ कार्यालय, जिसका मुख्यालय पटना में है, को वर्ष 1972 में गंगा बेसिन राज्यों में बाढ़ और उनके प्रबंधन से निपटने के लिए सरकार के माध्यम से बनाया गया था। भारत के संकल्प संख्या एफ.सी. 47(3)/72 दिनांक 18 अप्रैल 1972, गंगा बाढ़ नियंत्रण बोर्ड के सचिवालय और कार्यकारी विंग के रूप में, माननीय केंद्रीय जल मंत्री, जल संसाधन विभाग, बेसिन राज्यों के मुख्यमंत्रियों या उनके प्रतिनिधि और सदस्यों, योजना की अध्यक्षता में आयोग, बोर्ड के सदस्य हैं। अध्यक्ष, जीएफसीसी बोर्ड के सदस्य-सचिव के रूप में कार्य करता है।

2015 में उत्तर प्रदेश राज्य से संबंधित बाढ़ प्रबंधन कार्यों से निपटने के लिए लखनऊ में जीएफसीसी का एक क्षेत्रीय निदेशालय स्थापित किया गया था।